CURSOS MINISTRADOS
Materiais
Abaixo encontra-se a descrição dos cursos ministrados pelos alunos do PPG Bioinformática UFPR. Tais cursos são ofertados periodicamente nos eventos como a Escola Paranaese de Bioinformática, e no Workshop de Bioinformática, que ocorrem anualmente. Mais formações sobre os eventos podem ser encontrados na aba eventos.
Esses minicursos também podem ser ministrados de forma independente ou outros eventos, por meio de convite realizado no e-mail dos discentes: bioinfodiscentes@gmail.com
Introdução à Bioinformática
A Bioinformática pode ser compreendida como a união da Ciência da Computação com a Biologia Molecular, na qual a Computação entra como instrumento para a análise de informação da Biologia, em especial, da Biologia Molecular. Ela consiste basicamente na pesquisa e desenvolvimento de ferramentas computacionais, matemáticas e estatı́stica, com o desenvolvimento e implementação de algoritmos.
TÓPICOS ABORDADOS:
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Introdução à Bioinformática
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Linux e Shell para bioinformática
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Bancos de dados biológicos
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Montagem genômica
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Anotação genômica
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Filogenia molecular
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Genômica comparativa
PRÉ-REQUISITOS:
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Noções de biologia molecular
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Noções de informática
link para terminal online.
Palestras
Introdução ao LaTeX
LaTeX é um sistema de preparação de documentos de texto, isto é, ele é uma espécie de editor baseado em comandos que permite a edição de textos de maneira altamente flexível e de alta qualidade. O LaTeX é baseado em comandos simples e foi originalmente projetado para a inserção de equações matemáticas sofisticadas, mas que hoje permite a formatação limpa, uniforme e que tem como saída padrão o pdf. É extremamente útil na produção de qualidade de livros, artigos e trabalhos acadêmicos.
TÓPICOS ABORDADOS:
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Introdução ao LaTeX
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Comandos básicos
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Principais pacotes
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Estruturação de artigo (article)
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Inserção de tabelas e figuras
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Estrutura geral de livro (book)
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Apresentação de slides (beamer)
PRÉ-REQUISITOS:
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Noções de informática
Introdução à Inteligência Artificial
A Inteligência Artificial (IA) abrange o aprendizado de máquina em uma enorme variedade de subcampos. Seus usos vão desde a otimização de processos industriais, até a direção de um carro em uma estrada movimentada. Dentre suas aplicações biológicas, estão: construção de árvores filogenéticas, diagnóstico de doenças, predição de fármacos, identificação de genes. Neste curso abordaremos os principais conceitos da Inteligência Artificial, com práticas utilizando as principais ferramentas open source.
TÓPICOS ABORDADOS:
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Metaheurística – Algoritmos Genéticos
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Redes Neurais
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Clusterização
PRÉ-REQUISITOS:
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Noções de informática
Introdução ao R
A linguagem de programação estatística R é uma das ferramentas mais utilizadas em Análise e ciência de dados na atualidade. Em bioinformática, milhares de ferramentas são desenvolvidas em R e utilizadas para análises em alto nível de dados genômicos. Neste minicurso, iremos abordar os primeiros passos para utilização da linguagem, abordando importação, manipulação, análise e visualização básica de dados.
TÓPICOS ABORDADOS:
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Objetos no R
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Manejo de Dados
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Gráficos
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Funções
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Estudo de Caso
PRÉ-REQUISITOS:
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Noções de informática
Introdução ao Python e Biopython
INTRODUÇÃO AO PYTHON
A linguagem Python é amplamente utilizada em diversas áreas do conhecimento, inclusive na área biológica. Este curso é um primeiro passo para quem tem interesse em aprender esta linguagem e aplicá-la em seus trabalhos. O curso é voltado para iniciantes na linguagem Python e/ou iniciantes na área de programação.
TÓPICOS ABORDADOS:
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tipos de variáveis, listas e dicionários;
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estrutura condicional (if, else, elif);
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estrutura de repetição (loop for e while).
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criação de funções;
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manipulação de dados (pandas);
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inferência estatística (scipy.stat);
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criação de gráficos (matplotlib);
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expressões regulares (regex);
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bioinformática (biopython)
PRÉ-REQUISITOS:
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Noções de informática
Este curso pretende apresentar um panorama das metodologias atuais usadas para analisar e identificar proteínas. Isso inclui eletroforese de proteínas, cromatografia, espectrometria de massa e análise de banco de dados de proteínas.Construções de bibliotecas, alinhamentos, montagens de sequências, processo transcricional, métodos de amplificação e outros assuntos são tratados neste minicurso.
TÓPICOS ABORDADOS:
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Dogma Central da Biologia
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Montagem
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Estrutura de proteínas
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Purificação de proteínas
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Espectrometria de massa
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Eletroforese
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Cromatografia
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Fingerprinting de proteínas
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Determinação de sequências de proteínas
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Síntese de proteínas e modificações pós-traducionais
PRÉ-REQUISITOS:
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Bioquímica Estrutural
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Genética Básica
Introdução à Proteômica e Genômica
Processamento de Texto
O objetivo deste minicurso é o ensino de métodos para a obtenção e organização de textos científicos, facilitando a revisão bibliográfica de qualquer área do conhecimento. Apresentaremos métodos e ferramentas como Mendeley, scripts, e outras ferramentas usuais.
TÓPICOS ABORDADOS:
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Obtenção automática de literatura
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Mendeley
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LaTeX
PRÉ-REQUISITOS:
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Noções de informática
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Noções de língua inglesa
em breve.